Alors que Mikael, journaliste vedette de Millenium, s'apprête à faire paraître un article sur un réseau de prostitution en Suède, une étudiante, dont la thèse portait sur le même sujet, est assassinée. Le lendemain, le corps de Niels Bjurman est retrouvé. L'arme du crime porte les empreintes de Lisbeth. Un mandat d'arrêt est lancé contre elle. Convaincu de son innocence, Mikael, ouvre sa propre enquête. En cavale, Lisbeth ne tarde pas à découvrir l'identité du tueur : Ronald, ex-espion soviétique avec qui Lisbeth a un vieux compte à régler.